Περιγραφή¶
Amber is a suite of biomolecular simulation programs.
ΠΡΟΣΟΧΗ
Το Amber είναι προσβάσιμο μόνο από χρήστες που ανήκουν στο group igem.
Amber 19¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Το script υποβολής μίας εργασίας που χρησιμοποιεί το εργαλείο pmemd θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script (pmemd)
#!/bin/bash
#SBATCH -J amber-18-pmemd-case
#SBATCH -p gpu
#SBATCH -t 1-00:00:00
module load gcc/7.3.0 openmpi/3.1.3 cuda/10.0.130
module load amber
pmemd.cuda -O -i md.in -o md1.out -p *.prmtop -c heat1.ncrst -r md1.ncrst -x md1.nc
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω amber-18-pmemd-case.sh. Επιπλέον αντιγράφουμε τα αρχεία εισόδου του παραδείγματος:
# mkdir amber-18-pmemd-case
# cd amber-18-pmemd-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch amber-18-pmemd-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out
Για τα εργαλεία pdb4amber και sander τα scripts υποβολής των εργασιών θα έχουν αντίστοιχα την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script (pdb4amber)
#!/bin/bash
#SBATCH -J amber-18-pdb4amber-case
#SBATCH -p batch
#SBATCH -t 1:00:00
module load gcc/7.3.0
module load amber
pdb4amber --pdbid 1RAM -o *.pdb
SLURM submission script (sander)
#!/bin/bash
#SBATCH -J amber-18-sander-case
#SBATCH -p batch
#SBATCH -t 1:00:00
module load gcc/7.3.0
module load amber
sander -O -i md.in -o md1.out -p *.prmtop -c heat1.ncrst -r md1.ncrst -x md1.nc