Περιγραφή

Amber is a suite of biomolecular simulation programs.

Amber 19

• HOME Page

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής μίας εργασίας που χρησιμοποιεί το εργαλείο pmemd θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script (pmemd)

#!/bin/bash
#SBATCH -J amber-18-pmemd-case
#SBATCH -p gpu
#SBATCH -t 1-00:00:00

module load gcc/7.3.0 openmpi/3.1.3 cuda/10.0.130
module load amber

pmemd.cuda -O -i md.in -o md1.out -p *.prmtop -c heat1.ncrst -r md1.ncrst -x md1.nc

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω amber-18-pmemd-case.sh. Επιπλέον αντιγράφουμε τα αρχεία εισόδου του παραδείγματος:

# mkdir amber-18-pmemd-case
# cd amber-18-pmemd-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch amber-18-pmemd-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out 

Για τα εργαλεία pdb4amber και sander τα scripts υποβολής των εργασιών θα έχουν αντίστοιχα την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script (pdb4amber)

#!/bin/bash
#SBATCH -J amber-18-pdb4amber-case
#SBATCH -p batch
#SBATCH -t 1:00:00

module load gcc/7.3.0 
module load amber

pdb4amber --pdbid 1RAM -o *.pdb

SLURM submission script (sander)

#!/bin/bash
#SBATCH -J amber-18-sander-case
#SBATCH -p batch
#SBATCH -t 1:00:00

module load gcc/7.3.0 
module load amber

sander -O -i md.in -o md1.out -p *.prmtop -c heat1.ncrst -r md1.ncrst -x md1.nc