Περιγραφή

Chaste (Cancer, Heart and Soft Tissue Environment) is a general purpose simulation package aimed at multi-scale, computationally demanding problems arising in biology and physiology. Current functionality includes tissue and cell level electrophysiology, discrete tissue modelling, and soft tissue modelling. The package is being developed by a team mainly based in the Computational Biology Group at the Department of Computer Science, University of Oxford, and development draws on expertise from software engineering, high performance computing, mathematical modelling and scientific computing.

Chaste 2017.1

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και μεταβαίνουμε εντός αυτού.

# mkdir Chaste-2017.1-case
# cd Chaste-2017.1-case

Μέσα στο φάκελο τοποθετούμε το αρχείο εισόδου (π.χ. ChasteParameters.xml).

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε, (Chaste-2017.1-case.sh), θα έχει τα εξής περιεχόμενα:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --job-name=Chaste-2017.1-case
#SBATCH --ntasks-per-node=4
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00

module load Chaste/2017.1
module load gcc/7.3.0
module load cmake/3.12.3
module load openmpi/3.1.3
module load petsc/3.10.2
module load parmetis/4.0.3
module load hdf5/1.10.4
module load hypre/2.15.1
module load superlu-dist/5.4.0

source /mnt/apps/prebuilt/Chaste/2017.1/venv.chaste/bin/activate

srun Chaste ChasteParameters.xml

deactivate

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch Chaste-2017.1-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας και εφόσον έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, π.χ.:

# tail -f slurm-XXXXX.out

Πληροφορίες εγκατάστασης

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής βιβλιοθήκες:

• gcc/7.3.0
• openmpi/3.1.3
• vtk/8.1.1
• petsc/3.10.2
• zlib/1.2.11
• boost/1.68.0
• hdf5/1.10.4
• metis/5.1.0
• parmetis/4.0.3
• xerces-c/3.2.2
• cmake/3.12.3
• xsd/4.0.0