Περιγραφή¶

Randomized Axelerated Maximum Likelihood

RAxML 8.2.11¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας, έστω RAxML-8.2.11-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=RAxML-8.2.11-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00

module load gcc/8.2.0 openmpi/3.1.4 raxml/8.2.11

raxmlHPC -m BINGAMMA -p 12345 -s binary.phy -n T1

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα, χρησιμοποιούμε το αρχείο binary.phy και ακολουθούμε τις οδηγίες που περιγράφονται στο hands-on του RAxML.

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

# mkdir RAxML-8.2.11-case
# cd RAxML-8.2.11-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch RAxML-8.2.11-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Πληροφορίες εγκατάστασης¶

Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:

gcc/8.2.0
openmpi/3.1.4