Skip to content

Περιγραφή

Ximmer is a tool designed to help users of exome and targeted genomic sequencing data accurately detect and interpret copy number variants (CNVs).

ximmer

Example Ximmer Analysis

Παράδειγμα χρήσης

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα χρησιμοποιούμε τα example data που δίνονται από την εφαρμογή.

Το script υποβολής της εργασίας, έστω ximmer-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ximmer-example
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=3:00:00

module load gcc/8.2.0 ximmer

ximmer -c example.groovy -v -o example

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου, όπως το example.groovy και το script υποβολής της εργασίας.

# mkdir ximmer-case
# cd ximmer-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch ximmer-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f ximmer.log

Πληροφορίες εγκατάστασης

Η εφαρμογή έγινε clone απο το ximmer github repository με latest commit 9d165ea (Dec 26, 2018).

Για την εγκατάσταση έχει χρησιμοποιηθεί ο μεταγλωττιστής gcc/8.2.0

Επιπλέον βιβλιοθήκες που χρησιμοποιήθηκαν είναι οι εξής:

  • jdk/11.0.2_9
  • zlib/1.2.11
  • netlib-lapack/3.8.0
  • miniconda3/4.5.11
  • r/3.5.1
  • openssl/1.0.2o