Περιγραφή¶

The ViennaRNA Package consists of a C code library and several stand-alone programs for the prediction and comparison of RNA secondary structures.

HOME Page

ViennaRNA 2.4.17¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=viennarna-2.4.17-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --nodes=1

module load gcc/9.2.0 viennarna/2.4.17

RNAfold -p < 5S.seq
$VIENNARNA_ROOT/share/ViennaRNA/bin/mountain.pl 5S_dp.ps
$VIENNARNA_ROOT/share/ViennaRNA/bin/relplot.pl 5S_ss.ps 5S_dp.ps > 5S_rss.ps
$VIENNARNA_ROOT/share/ViennaRNA/bin/rotate_ss.pl -a 180 -m 5S_rss.ps > 5S_rot.ps
RNAfold < 5S.seq > 5S.fold
RNAplot --pre "76 107 82 102 GREEN BFmark 44 49 0.8 0.8 0.8 Fomark \
        1 15 8 RED omark 80 cmark 80 -0.23 -1.2 (pos80) Label 90 95 BLUE Fomark" < 5S.fold

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω viennarna-2.4.17-case.sh.

# mkdir viennarna-2.4.17-case
# cd viennarna-2.4.17-case

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα θα χρησιμοποιήσουμε κάποια βήματα από το ViennaRNA tutorial. Για να αντιγράψουμε τo αρχείo 5S.seq του παραδείγματος μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε τις παρακάτω εντολές:

# module load gcc/9.2.0 viennarna/2.4.17
# cp $VIENNARNA_ROOT/share/ViennaRNA/tutorial/5S.seq .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch viennarna-2.4.17-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την εξέλιξή της μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# less slurm-*.out

Για να δούμε τα διαθέσιμα commands του ViennaRNA μπορούμε να ενεργοποιήσουμε το module viennarna στο Login Node και να τρέξουμε τις εντολές:

# ls $VIENNARNA_ROOT/bin
# ls $VIENNARNA_ROOT/share/ViennaRNA/bin