Περιγραφή¶

HTSeq is a Python library to facilitate processing and analysis of data from high-throughput sequencing (HTS) experiments.

HTSeq 0.11.1¶

Documentation

Παράδειγμα χρήσης¶

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα βασιζόμαστε στο use case TSS plot.

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου, το script υποβολής της εργασίας, έστω htseq-0.11.1-case.sh και το python script htseq_example.py.

# mkdir htseq-0.11.1-case
# cd htseq-0.11.1-case

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=htseq-0.11.1-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=3:00:00

module load gcc/8.2.0 python/2.7.15 htseq/0.11.1

python htseq_example.py

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch htseq-0.11.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out