Skip to content

Περιγραφή

GROMACS (the GROningen MAchine for Chemical Simulations) is a versatile package to perform molecular dynamics, i.e. simulate the Newtonian equations of motion for systems with hundreds to millions of particles.

GROMACS 2019.2

Συνδεόμαστε στον aristotle.it.auth.gr μέσω ssh και δημιουργούμε ένα νέο φάκελο:

# mkdir GROMACS-2019.2-case
# cd GROMACS-2019.2-case

Για το παράδειγμα αυτό, τοποθετούμε μέσα στον φάκελο ένα αρχείο εισόδου (π.χ. GROMACS benchmark input file) και κάνουμε unzip:

# wget https://www.mpibpc.mpg.de/15101317/benchMEM.zip
# unzip benchMEM.zip

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε εμφανίζεται παρακάτω:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --tasks-per-node=20
#SBATCH --cpus-per-task=1

module load gcc/9.2.0 openmpi/3.1.4 gromacs/2019.2

srun gmx_mpi mdrun -ntomp 1 -s benchMEM.tpr

Με τον τρόπο αυτό η εργασία θα τρέξει σε 1 compute node με 20 CPUs/node.

Αποθηκεύουμε τα περιεχόμενα σε ένα νέο αρχείο (έστω GROMACS-2019.2-case.sh) και το υποβάλλουμε προς εκτέλεση με την εντολή:

# sbatch GROMACS-2019.2-case.sh

Παρακολουθούμε την εξέλιξη της εργασίας με την εντολή:

# squeue

Εφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου, π.χ.:

# tail -f md.log

Πληροφορίες εγκατάστασης

Για την εγκατάσταση έχουν χρησιμοποιηθεί οι εξής μεταγλωττιστές και βιβλιοθήκες:

  • gcc/9.2.0
  • openmpi/3.1.4
  • fftw/3.3.8