Skip to content

Περιγραφή

A fast algorithm for inferring population structure from large SNP genotype data.

fastStructure 0.1

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=faststructure-1.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --time=3:00:00

module load gcc/8.2.0 python/2.7.15 py-faststructure 
module load py-cython/0.27-py-27 py-matplotlib/2.2.3-py-27
module load py-backports-functools-lru-cache/1.5-py-27


export OUTPUT_STRUCTURE=test_structure
export OUTPUT_DISTRUCT=test_distruct

##Running Structure
python $PY_FASTSTRUCTURE_ROOT/structure.py -K 2 --input=test/testdata --output=$OUTPUT_STRUCTURE

##Running Distruct
python $PY_FASTSTRUCTURE_ROOT/distruct.py -K 2 --input=$OUTPUT_STRUCTURE --output=$OUTPUT_DISTRUCT

Για το συγκεκριμένο παράδειγμα χρησιμοποιούμε ως input το αρχείο testdata.fam

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας, έστω faststructure-0.1-case.sh. Επιπλέον αντιγράφουμε τα αρχεία εισόδου του παραδείγματος:

# mkdir faststructure-0.1-case
# cd faststructure-0.1-case
# module load gcc py-faststructure
# cp -r $PY_FASTSTRUCTURE_ROOT/test .

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch faststructure-0.1-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out
# cat *log

Εφόσον η εργασία ολοκληρωθεί επιτυχώς θα παραχθεί το αρχείο test_distruct.png.