Skip to content

Περιγραφή

RAxML-NG is a phylogenetic tree inference tool which uses maximum-likelihood (ML) optimality criterion.

RAxML-NG v0.9.0

RAxML-NG Documentation

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας, έστω RAxML-NG-0.9.0-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=RAxML-NG-0.9.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=1:00:00

module load raxml-ng

raxml-ng-mpi --threads $SLURM_NTASKS -msa $RAXML_NG_DATA/test.fa --model GTR+G

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

# mkdir RAxML-NG-0.9.0-case
# cd RAxML-NG-0.9.0-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch RAxML-NG-0.9.0-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Πληροφορίες εγκατάστασης

Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:

  • gcc/8.2.0
  • openmpi/3.1.3
  • cmake/3.12.3