Περιγραφή¶
Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference using MPI.
ExaML 3.0.21¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Το script υποβολής της εργασίας, έστω ExaML-3.0.21-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ExaML-3.0.21-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=1:00:00
module load gcc openmpi examl
parse-examl -s $EXAML_TEST_DATA/49 -q $EXAML_TEST_DATA/49.model -m DNA -n 49.partitioned
srun examl -t $EXAML_TEST_DATA/49.tree -m GAMMA -s 49.partitioned.binary -n T2
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.
# mkdir ExaML-3.0.21-case
# cd ExaML-3.0.21-case
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch ExaML-3.0.21-case.sh
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out
Πληροφορίες εγκατάστασης¶
Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:
gcc/8.2.0openmpi/3.1.3