Skip to content

Περιγραφή

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference using MPI.

ExaML 3.0.21

ExaML Documentation

Παράδειγμα χρήσης

Το script υποβολής της εργασίας, έστω ExaML-3.0.21-case.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=ExaML-3.0.21-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --ntasks=8
#SBATCH --time=1:00:00

module load gcc openmpi examl

parse-examl -s $EXAML_TEST_DATA/49 -q  $EXAML_TEST_DATA/49.model -m DNA -n 49.partitioned
srun examl -t $EXAML_TEST_DATA/49.tree -m GAMMA -s 49.partitioned.binary -n T2

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου και το script υποβολής της εργασίας.

# mkdir ExaML-3.0.21-case
# cd ExaML-3.0.21-case

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch ExaML-3.0.21-case.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f *.out

Πληροφορίες εγκατάστασης

Για την εγκατάσταση εχουν χρησιμοποιηθεί οι μεταγλωττιστές/εργαλεία μεταγλώττισης:

  • gcc/8.2.0
  • openmpi/3.1.3