mumax¶
Το mumax3 είναι ένα GPU-accelerated πρόγραμμα προσομοίωσης μικρομαγνητισμού, το οποίο αναπτύχθηκε και συντηρείται από την ομάδα DyNaMat στο Ghent University.
Σύνδεση στο Nefeli Cluster
Πριν από οποιαδήποτε ενέργεια, ο χρήστης πρέπει να έχει συνδεθεί επιτυχώς στο Nefeli cluster. Οι οδηγίες σύνδεσης παρέχονται στο ακόλουθο εγχειρίδιο.
mumax 3.11¶
Παράδειγμα χρήσης¶
Το script υποβολής της εργασίας θα έχει την ακόλουθη μορφή:
SLURM submission script
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=mumax-3.11
#SBATCH --partition=l4
#SBATCH --gpus=1
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=1:00:00
module load mumax
# start server in the background (& means background)
mumax3-server &
# wait for server to start
sleep 10
# execute an input script
mumax3 sample.mx3
# process output
mumax3-convert -png sample.out/*.ovf
Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο όπου τοποθετούμε τα αρχεία εισόδου (εδώ sample.mx3) και το script υποβολής της εργασίας, έστω mumax-3.11-nefeli.sh.
# mkdir mumax-3.11
# cd mumax-3.11
Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:
# sbatch mumax-3.11-nefeli.sh
Για είσοδο <όνομα>.mx3, τα αντίστοιχα αρχεία εξόδου θα αποθηκευτούν μέσα σε ένα φάκελο με όνομα <όνομα>.out (πχ η έξοδος του παραπάνω script θα βρίσκεται μέσα στο φάκελο ~/mumax-3.10-case/sample.out). Εάν ο φάκελος δεν υπάρχει ήδη, τότε θα δημιουργηθεί αυτόματα. Στο παράδειγμά μας, κάνουμε μια μετατροπή των αρχείων εξόδου μορφής OVF σε μορφή PNG. Επίσης δημιουργείται (εκτός του φακέλου <όνομα>.out) το αρχείο slurm-xxxxxx.out (όπου xxxxxx το id της εργασίας που έχουμε υποβάλει) το οποίο περιέχει την έξοδο που κανονικά θα βλέπαμε στην οθόνη.
Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.
Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:
# tail -f *.out