Quantum Espresso¶

Το Quantum Espresso είναι ένα ολοκληρωμένο πακέτο κώδικα ανοιχτού λογισμικού για υπολογισμούς ηλεκτρονιακής δομής και μοντελοποίηση υλικών στη νανοκλίμακα.

Σύνδεση στο Nefeli Cluster

Πριν από οποιαδήποτε ενέργεια, θα χρειαστεί να συνδεθείτε στο Nefeli cluster. Οι οδηγίες σύνδεσης είναι διαθέσιμες στο ακόλουθο εγχειρίδιο.

Quantum Espresso 7.5¶

Παράδειγμα χρήσης¶

Το script υποβολής της εργασίας, έστω QE-7.5-Nefeli.sh, θα έχει την ακόλουθη μορφή:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=QE-7.5-case
#SBATCH --partition=highcpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=20
#SBATCH --time=20:00

ulimit -s unlimited 

module load gcc/15 openmpi
module load quantum-espresso

export ESPRESSO_PSEUDO=$PWD

echo "running the geometry relaxation for CO...\c"
echo "Run starts :  `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S:%N '` "
echo "Running Quantum Espresso with" $SLURM_NTASKS "MPI tasks"

time mpirun -n $SLURM_NTASKS pw.x -i *.in > output.log

echo "Run ends : `date +'%Y-%m-%d %H:%M:%S:%N '` "

Στο $HOME μας στο login node, δημιουργούμε ένα νέο φάκελο

# mkdir QE-7.5-Nefeli
# cd QE-7.5-Nelfeli

όπου τοποθετούμε τα παρακάτω αρχεία εισόδου):

Εναλλακτικά, μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε ως παράδειγμα κάποιο από τα Quantum ESPRESSO benchmarks, όπως το CuO case, εκτελώντας για παράδειγμα τις παρακάτω εντολές:

# git clone https://github.com/QEF/benchmarks.git
# cd benchmarks/other-inputs/CuO

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch QE-7.5-Nefeli.sh

Παρακολουθούμε με την εντολή squeue την εξέλιξη της εργασίας.

Eφόσον η εργασία έχει εκκινήσει μπορούμε να ελέγχουμε την πρόοδο της επίλυσης μέσω των αρχείων εξόδου. Π.χ.:

# tail -f output.log