Περιγραφή

STEMsalabim simulates the image of a transmission electron microscope (TEM) in scanning mode, i.e., with a convergent electron beam scanning over the sample.

• HOME Page

STEMsalabim 5.0.0

Παράδειγμα χρήσης

Δημιουργούμε ένα νέο φάκελο και μεταβαίνουμε εντός αυτού.

# mkdir STEMsalabim-5.0.0-case
# cd STEMsalabim-5.0.0-case

Μέσα στο φάκελο αντιγράφουμε τα αρχεία εισόδου για το STEMsalabim.

Για το παράδειγμα αυτό θα χρησιμοποιήσουμε το Si 001 example τα αρχεία εισόδου του οποίου είναι διαθέσιμα στο PATH: $STEMSALABIM/examples/Si_001

# module load STEMsalabim
# cp -r $STEMSALABIM/examples/Si_001 Si_001
# cd Si_001

Το script που θα χρησιμοποιήσουμε για hybrid parallelization για παράδειγμα STEMsalabim-5.0.0-case.sh, θα έχει τα εξής περιεχόμενα:

SLURM submission script

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=STEMsalabim-5.0.0-case
#SBATCH --partition=batch
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=20
#SBATCH --time=10:00:00

#Set environment appropriately
module load STEMsalabim/5.0.0

#Run stemsalabim with hybrid parallelization
srun stemsalabim --params Si_001.cfg 

Η υποβολή της εργασίας γίνεται με την εντολή sbatch <filename.sh> ως εξής:

# sbatch STEMsalabim-5.0.0-case.sh

Παρακολουθούμε με squeue την εξέλιξη της εργασίας και εφόσον έχει εκκινήσει μπορούμε να παρακολουθούμε την πρόοδο μέσω των αρχείων εξόδου χρησιμοποιώντας την ncdump ως εξής:

# module load gcc netcdf
# ncdump Si_001.nc | head
# ncdump Si_001.nc | less

Επιπλέον όταν ολοκληρωθεί η εργασία, μπορούμε να τυπώσουμε το standard output και error με την εντολή:

# cat slurm-*.out